Zaveďte reakčné rozpúšťadlo do nádoby cez odvzdušňovací ventil, aby sa zmyla väčšina zvyšku; potom naplňte nádobu do polovice vodou a miešajte 10 minút. Až potom otvorte veko nádoby, aby ste vyčistili vnútorné steny.
Počas procesu čistenia je potrebné vyčistiť veko a ventil na odber vzoriek a vykonať krátke prefúknutie dusíkom, kým je voda stále vo vnútri nádoby.
Pre reaktor, ktorý sa nejaký čas nebude používať, je najlepšie naplniť ho na 70 % kapacity čistým bezvodým etanolom na namáčanie; skrutky nie je potrebné doťahovať.
Správne čistenie zabezpečuje, že vysokotlakový reaktor je pripravený na ďalšie použitie.